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La taxonomía (del griego ταξις, taxis, ‘ordenamiento’, y νομος, nomos, ‘norma’ o ‘regla’) es, en su sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente, se emplea el término para designar a la taxonomía biológica, la "teoría y práctica de clasificar organismos". La clasificación que aquí se expone tiene que ser congruente con el árbol filogenético mientras se disponga de éste, en ella, los organismos se agrupan en taxones mutuamente excluyentes a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que todos los organismos pertenecen a uno y sólo un taxón de cada rango o "categoría taxonómica". La mayoría de los especialistas ve las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer esos linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias acerca de los límites de cada una suele ser la categoría taxonómica más importante en la clasificación.

Taxonomia
La taxonomía biológica es aquí tratada como una subdisciplina de la biología sistemática, que además tiene como objetivo la reconstrucción de la filogenía, o historia evolutiva, de la vida. Como aquí comprendida la taxonomía abarca los criterios para la delimitación y categorización de taxones en una clasificación, su nomenclatura formal, y también las herramientas para la determinación o identificación de especímenes. Teniendo en cuenta que sólo el 10% de las especies del planeta está descripto, y que esas descripciones son hipótesis con diferentes grados de robustez, la determinación funciona recursivamente con la descripción y delimitación de especies en el área llamada alfa-taxonomía o taxonomía descriptiva.

Los taxones supraespecíficos son los que agrupan especies y se jerarquizan en categorías taxonómicas de rango cada vez más alto: género (grupo de especies), familia, etc hasta el reino. En esta área también hay un debate aún inconcluso. Muchos especialistas afirman que sólo los criterios para armar los taxones de la escuela cladista logran que la clasificación ofrezca el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología, pero la escuela evolucionista tiene razones para delimitar con otros criterios los taxones, y se atribuye la creación de sistemas de clasificación más útiles y predictivos.

La taxonomía también se ocupa de debatir y actualizar los Códigos de Nomenclatura, que definen la clasificación a utilizar y reglamentan los nombres de los taxones que la componen con el objetivo de proveer la máxima estabilidad en la nomenclatura. Los Códigos no evitan las diferencias entre taxónomos ni en la alfa ni en la beta taxonomía que son una fuente de inestabilidad frecuente en los nombres de los taxones.

La historia de la taxonomía ha sido largamente recorrida por éstos y otros interrogantes y a lo largo de ella fueron formándose el sistema de clasificación y las reglas que nos han quedado como legado.

La nueva crisis de biodiversidad, los avances en el análisis del ADN, y la posibilidad de intercambiar información a través de internet, han revitalizado a esta ciencia en el ambiente científico desde la década del 2000, y han generado un debate acerca de la necesidad de hacer reformas sustanciales a los Códigos. Algunas de estas propuestas son el "BioCode", el "PhyloCode", las "marcas de ADN" y las relacionadas con la informatización de los datos y la utilización formal de Internet.

Taxonomía según las diferentes escuelas

Según la escuela cladista, la que predomina hoy en día, la taxonomía es la ciencia que debe decidir qué clados del árbol filogenético serán "convertidos" o representados por taxones y en qué categoría taxonómica ubicarlos.

Si bien en los libros de texto el clado en general se define como "una secuencia de una población ancestral y todos sus descendientes", resulta ser una definición poco rigurosa: el clado, como lo utilizan los taxónomos, agrupa sólo poblaciones vivientes o al menos las que se utilizaron para tomar los datos, las que en el método original de Hennig –el fundador, o la "voz más articulada" del cladismo– se asocian como descendientes de un mismo linaje cuando se "encuentran" o determinan sus apomorfías: los cambios de carácter en el linaje ancestral. Otras formas de análisis filogenético como los métodos fenéticos (cuyo punto de partida es ciego en lo que respecta a la evolución de los caracterescita) fueron incorporados a la definición de clado, de forma que pueden hipotetizar un "clado" (poblaciones agrupadas por poseer caracteres compartidos desde el ancestro común más reciente) mediante métodos de análisis no Hennigianos. El lector interesado puede recurrir a las siguientes lecturas, listadas en Judd et al. (2007): Farris (1979), Donoghue y Cantino (1988), Nelson y Platnick (1981), Humphries y Parenti (1986), Brooks y McLennan (1991), Forey et al. (1992), Cracraft y Donoghue (2004).

Tangara dorada

Tángara dorada (Tangara arthus)

"Clado" proviene de cladogénesis. Los grupos descendientes de un linaje común y único se llaman grupos monofiléticos (mono: único, phylum: linaje) sensu Hennig, y los términos usualmente son utilizados como sinónimos. Los taxones que representan grupos monofiléticos se llaman "taxones monofiléticos", y las apomorfías del clado que representan, que pueden haberse encontrado, no alcanzan normalmente como circunscripción. Las apomorfías pueden haberse perdido en algunos miembros del grupo y pueden ser compartidas por otros clados que las hubieran adquirido independientemente. Sólo después de haber obtenido una circunscripción y decidido una categoría se puede considerar al grupo un taxón y decidir si nombrarlo según las reglas formales de nomenclatura.

Hay otras escuelas de clasificación. Quizás la más importante, dentro de las "minoritarias" es la que considera que los grupos parafiléticos también deberían ser representados por taxones nombrados formalmente, si los grupos que los conforman son lo suficientemente similares entre sí y lo suficientemente disímiles del clado que queda afuera (escuela evolucionista). Los autores listados en Judd et al. 2007 para el lector interesado: Simpson 1961, Ashlock 1979, Cronquist 1987, Mayr y Ashlock 1991, Stuessy 1983, ; Cavalier-Smith (2010) escribió recientemente un texto de contenido libre. Ejemplos de "taxones parafiléticos" que se utilizan en las "clasificaciones evolucionistas" son los procariotas (parafiléticos con respecto a los eucariotas) en el clásico sistema de clasificación en reinos iniciado por Whittaker (1969–Margulis 1971) y que hoy se sigue utilizando, y las dicotiledóneas, parafiléticas con respecto a las monocotiledóneas (ej. Takhtajan 2009).

Cangrejo gigante japones 1

Cangrejo gigante del Japón (Macrocheira kaempferi)

Otra escuela que fue encabezada por RR Sokal y PHA Sneath (Sokal y Sneath 1963, Sneath y Sokal 1973, comentarios de los autores originales en Sokal 1986 y Sneath 1995) recordaba que como no había forma de testear si eran verdaderas las "hipótesis previas" sobre evolución, los razonamientos se hacían circulares: los "grupos preferidos" determinan las "apomorfías preferidas" que a su vez determinan los "grupos preferidos". En los '60 cada autor de una clasificación proponía un árbol completamente distinto y eran pocos los grupos que se mantenían entre autores. Sokal y Sneath no sólo presentaban novedosos métodos de análisis "numéricos" -cuantitativos– que sacaban provecho de las en ese momento novedosas computadoras, sino que también eran métodos "fenéticos": intentaban no asumir hipótesis de evolución para armar el árbol, que debía buscarse siempre que existiera la posibilidad. En las últimas décadas, en que "toda la sistemática es en alguna forma numérica", esta escuela fenética perdió visibilidad debido a la cantidad de caracteres que se obtienen a su vez de cantidad de líneas de evidencia diferentes, a las tradicionales se sumaron los análisis moleculares de ADN, los caracteres bioquímicos y de ultraestructura, de forma que, a medida que se agregan hipótesis evolutivas para aumentar la congruencia entre líneas de evidencia diferentes, los taxónomos van llegando a un consenso acerca de cuáles serán las "verdaderas" de ellas con las que estimar la filogenia, con las que inferir las relaciones cladísticas. Desde los '90 o '2000 la sistemática vivió momentos emocionantes: se empezaba a vislumbrar un único árbol predictivo y robusto, y efectivamente, muchos grupos fueron abandonados por no estar basados en hipótesis evolutivas correctas, incluidos algunos de larga data que causaron mucha sorpresa. Los autores enfatizan que sólo propusieron métodos de análisis y RR Sokal se considera evolucionista (de hecho ha afirmado, "todavía tengo que conocer a un taxónomo no evolucionista"), esta tradicionalmente llamada "escuela" dejó como legado a la sistemática interesantes métodos de análisis numérico que fueron sólo una parte de importantes avances en análisis filogenético, sistemática molecular, análisis morfométrico e identificación numérica.

Hoy, las clasificaciones cladistas predominan por sobre las evolucionistas. Las dos escuelas admiten que se necesitan nombres tanto para los grupos parafiléticos como para los monofiléticos que los abarcan, la discusión entre cladistas y evolucionistas radica en cuál es el sistema de nombres que debería formalizarse en una clasificación. Los evolucionistas formalizan nombres de grupos parafiléticos, y mencionan con nombres informales los grupos monofiléticos no clasificados (por ejemplo Cavalier-Smith 1998 en adelante formaliza los reinos y nombra los supergrupos de eucariotas sin formalizarlos), mientras que los cladistas formalizan sólo grupos monofiléticos, llamando con nombres informales a los grupos parafiléticos (por ejemplo Adl et al. 2005 formalizan los supergrupos de eucariotas y proponen el nombre informal procariotas o bacterias para ese grupo parafilético).

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